Evolución
Por lo general se reconoce que Jean-Baptiste Pierre Antoine de Monet, caballero de Lamarck es quien publicó un árbol evolutivo temprano (Lamarck 1809). Sin embargo, sus árboles publicados difieren de nuestros arboles filogenéticos modernos en tener grupos de organismos de nivel superior en los nodos internos y externos, de modo que cada árbol representa una serie de transformación entre los grupos de organismos. Por lo tanto, sus árboles se basan en la idea de la transmutación, que no se ajustan a nuestro tipo actual de árbol.
El esencialismo
Las clasificaciones de lo 'vivo' en la historia comenzaron con el filósofo griego Aristóteles (384-322 a.C.) quien dividió al mundo natural en dos grandes reinos: el reino animal y el vegetal. Inició su estudio y ordenación de las diversas formas de vida animal junto a su discípulo Teofrasto (371-287 a.C.), quien clasificó a los vegetales en árboles, arbustos y hierbas.
el transformismo
En el siglo XIX, varios autores comienzan a concebir un mundo en donde las especies mudan, destacando la teoría de evolución del naturalista y académico francés Lamarck (1744-1829). Lamarck apoyaba la teoría, conocida como transformismo, que concebía que los diferentes linajes habrían sido generados espontáneamente y que los mayores cambios dentro de cada uno de ellos ocurrían como resultado de una fuerza interna que los guiaba hacia un mayor grado de complejidad.
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George Mivart
George Mivart era un morfólogo convertido al darwinismo, aunque más tarde se enemistó con Thomas Henry Huxley y por tanto con Darwin. Su trabajo trataba sobre la anatomía comparada de los primates. Se considera un artículo de Mivart de 1865, como la primera publicación que contendrá un árbol explícitamente darwiniana. Esto es irónico, dado el hecho de que Mivart, posteriormente, se convirtió en uno de los críticos más fuertes de Darwin.
Franz Martin Hilgendorf
Su trabajo fundamental trataba sobre los gasterópodos fósiles de la cuenca del Mioceno medio en Steinheim, en el sur de Alemania. Su trabajo fue publicado en 1863, pero no contiene imágenes de ningún árbol, aunque Hilgendorf discute en detalle la relación entre una serie estratigráfica completa de los fósiles y las ideas evolucionistas de Darwin, concluyendo que los fósiles Planorbis podrían disponerse en un árbol filogenético.
Ernst Heinrich Philipp August Haeckel
Haeckel acuñó la palabra "filogenia" (junto con muchos otros, entre ellos "la ontogenia" y "ecología"), y sus primeros árboles filogenéticos se publicaron en el segundo volumen de su obra en dos volúmenes sobre la morfología de los animales (Haeckel 1866). Haeckel tenía el ambicioso plan para reformar el estudio de la morfología, realizar una síntesis de las ideas de Darwin en la ascendencia genealógica con el evolucionismo transformista de Lamarck
Charles Darwin
Charles Darwin (1859) se acredita generalmente como el creador de los árboles filogenéticos modernos, con taxones contemporáneos en las hojas y los antepasados ​​en los nodos internos. Sin embargo, en el período 1865-1866, hubo dos paleontólogos y dos morfólogos comparativos, que se consideran los precedentes de los verdaderos árboles filogenéticos actuales
